2004年3月，程丑夫调出，蒋文明任院长。同年7月，医院门诊综合大楼正式竣工，7月19日开诊试营业，为7月20日的“冬病夏治”活动提供了环境优美、宽敞舒适的新场地。同年，医院举办建院70周年院庆，编写了院史和画册，设计制作院徽，组织了院庆70周年文艺晚会，向社会义诊10天，开展了专家学术讲座，在8家报刊杂志发表文章和4家电视台进行报道，湖南省人民政府副省长甘霖亲临庆典大会，致辞“闻鸡起舞”，瑞雪兆丰年，再造辉煌。同年12月，瞿延晖任党委书记。
2004年，医院总收入4300万元，门诊急诊106866人次。医院在总体规划上，确定了“大专科、小综合”符合院情的内涵建设思路，对两个国家重点专科肛肠、皮肤科和省级重点专科进行重点扶持；为遏制病床使用率节前、节中的大幅度下滑，方便病人随时就诊，开始实行全年无节假日门诊；不断寻找新的经济增长点，引进肝病、整形美容等新医疗项目和技术十多项，添置新设备约150万元。
2005年，医院深化干部制度改革，对全院中层管理干部、业务科室正、副主任、护士长等17个职能科室、19个业务科室、13个护理单元共69个岗位实行竞争上岗。响应国家“万名医生支援农村卫生工程”号召，对口扶贫安化县中医院、邵阳县中医院。医院加大力度支持形成优势的特色专科，为推行“院有专科、科有专病、人有专长”的办院方针，在人才、设备、医疗、用房等方面大量投入，重点扶持，实行政策倾斜。12月16日，顺利通过了省教育厅专家组对医院重点学科的检查，并积极开展国家药物临床试验机构的申报准备工作。
2006年3月，陈祥瑞任党委书记，蒋文明调出，肖四旺调入任副院长，主持工作。4月，随着湖南中医学院正式更名为湖南中医药大学，医院更名为湖南中医药大学第二附属医院。2006年医院总收入达到6208万元，门急诊115018人次，成立了中国针灸临床研究中心湖南分中心，顺利通过了国家专家组对皮肤疮疡科、肛肠科的现场评估验收，被评为长沙市开福区2006年度传染病综合防治工作先进单位。为了加强医院管理，改进服务理念，提高服务质量，开展了“百日优质服务竞赛”，要求各线“以病人为中心”开展工作，“临床一切为病人，后台一切为前台”，涌现出了一批先进集体和服务标兵，全院职工服务态度有了进一步改观，医疗质量逐步提升，医疗行为逐步规范，后勤保障不断加强。
2007年7月，肖四旺任院长。医院发展形势良好，医疗业务工作成绩显著，总收入8612万元，增长率38.8%，门诊诊疗达14万人次，出院近2万人次。医院以“大专科、小综合”为主导，以打造“名院、名科、名医”为重点，建立“专科、专病、专药”服务体系，骨伤科、妇科不孕不育专科两个专科成功申报为国家重点专科；心脑血管专科、急诊科被评为省级重点专科，成立了湖南省保胆中心，专科诊疗收入占全院总收入68%。6月16日，在湖南省中医药发展大会上，我院作为省级医院的唯一代表介绍了发挥中医药特色及专科优势的办院经验，受到与会代表一致好评。同年，护理教研室获得“全国首届中医护理先进集体”称号。
2008年，医院被省卫生厅评为2005-2007年度“医院管理年活动先进集体”。医院病室增加到13个，住院床位扩编到606张，门诊诊疗达172630人次，出入院2万余人次，业务收入达1.12亿元。中风专科、老年病(冠心病)科跻身国家中医药管理局“十一五”重点专科协作单位之列，专科诊疗收入占全院总收入89.5%。科研教学方面，医院中标国家“十一五”支撑项目1项、国家自然科学基金项目1项；联合申报中标国家“973”项目1项、国家科技重大专项课题3项；皮肤、肛肠、骨伤、妇科不孕不育，中风，心血管6个专业均以优异的成绩顺利通过国家药物临床试验基地验收，填补了医院药物临床试验史上的空白；“皮肤免疫病理实验室”又以优良的成绩通过国家中医药管理局三级科研实验室验收，成功申报“省中医药管理局重点研究室”；医院首次独立招收研究生18名，被省教育厅评为“优秀实习基地”。同年，医院顺利召开湖南中医药大学第二附属医院第一次党代会，选举产生了医院新一届党委和纪委领导班子。医院启动门诊教学综合楼续建加层工作，投入资金1000万元购置螺旋CT、彩超等现代诊疗设备，为实现医院经济目标提供了断的增长点。
在四川汶川遭受突如其来的地震灾难时，医院党委、行政高度重视，迅速组织5名医疗救护人员赶赴救灾一线，腾出骨伤科整层病房作为灾区伤员专用爱心病房，接收了46名地震伤员，全院为灾区人民自愿报名献血120余人，募集爱心善款及特殊党费13万多元。医院被省卫生厅评为抗震救灾先进集体，刘震云、邓海鹰、王建湘等同志分别被评为卫生部及省卫生厅抗震救灾先进个人。
2009年，医院开通了预约挂号系统，包括网上预约、电话预约和门诊预约，全年预约量800余人。全年门急诊量达286534人次，总收入达1.42亿元，增长率26.67％；医院鼓励中医药特色优势项目的开展，2009年冬病夏治穴位敷贴人次达2.28万，创历史新高；中医皮肤疮疡科成功申报国家中医药管理局“十一五”重点学科。根据国家中医药管理局指导意见，医院制定了翔实的《中医药文化建设实施方案》，利用仲景祠故址这一资源优势，以传承仲景精神为主线，形成了“团结仁爱、继承创新，特色兴院、服务人民”的宗旨和“承仲景之志，精耕博采；行医圣之风，仁济于人”的院训；提炼了“医术至精、医德至仁、医风至淳、服务至诚、创新至善、使命至尚”的核心价值理念；编写了反映医院悠久历史传承的湖南省中医院院歌，通过一系列文化活动和文化体系建设举措，力争把医院打造成国内知名、中医药特色鲜明的中医品牌医院。
2010年医院全年收入达1.66亿元，年门诊量250595人次，住院病人10977人次，预约挂号量增至一万多人次，以名列前茅的优异成绩通过了国家中医药管理局医院管理年活动检查评估；顺利完成与邵阳县中医院、沅陵县中医院、安化县中医院、永顺县中医院、永顺县石堤医院的对口扶贫工作，龙铁牛同志被湖南省人民政府授予“对口支援理县灾后重建先进个人”二等功；护理部被中华中医药学会评为第二届全国中医护理先进集体；《中医肛肠科学》被评为省级精品课程；GCP工作通过了省食品药品监督管理局的现场检查。
2011年12月，陈祥瑞调出，伍一文任党委书记。医院门诊人次近30万人，住院病人数1.2万人，业务总收入1.6亿元，全院专科床位使用率超过100%。医院专门设立了重点专科办，顺利通过了皮肤科、肛肠科、骨伤科、妇科不孕病四个国家中医药管理局“十一五”重点专科(专病)建设项目评审验收；参与国家“十二五”重大专项2项，主持国家自然科学基金项目1项；获得中华中医药学会科技进步三等奖1项，六病室护理单元被中华中医药学会评为全国中医特色护理优秀科室。
2012年，医院党委被评为全省卫生系统创先争优活动先进集体，党委副书记、院长肖四旺被评为全国中医药系统创先争优活动先进指导工作者，吴清明同志被评为湖南省创先争优活动优秀个人。同年，4人被列为第三批全国中医临床优秀人才，医院被国家中医药管理局评为“第二批全国优秀中医临床人才研修项目先进管理单位”。2012年，全院业务总收入突破2亿元，门急诊294378人次，编制病床数增加至1100张；新增心血管、脑病、脾胃、耳鼻喉、中医预防保健等5个国家中医药管理局重点专科，新增肛肠科、骨伤科2个国家临床重点专科（中医专业），新增肛肠科学、康复学2个国家中医药管理局重点学科；成功应对处置了长沙市近20年来首例霍乱病人，被评为湖南省卫生安全质量管理工作先进单位、开福区传染病应急先进单位。2012年，医院以优异成绩通过三甲复评审同年，举行了医疗教学综合楼建设奠基庆典。
2013年6月，肖四旺调出，熊辉调入任院长。医院开展了向“最美老中医”、湖南省道德模范、全国道德模范提名奖获得者欧阳恒同志学习的一系列活动，为实现医院跨越式发展做好思想准备。2013年，医院总收入突破2.6亿元，门急诊人次达37万余人次；组建了危急重症医学科顺利完成2000平方米高标准中药制剂室的建设并通过GPP验收，11个品种制剂获得了生产批文，院内制剂收入331万元；中医妇科晋升为卫生部国家中医临床重点专科，新增1个国家级名老中医传承工作室，成功承办了中南片区名老中医传承工作室信息网络培训班，协助中国中医科学院联合培养名中医传承博士后1名。全院开展了全院中层干部轮岗、交流工作，从院内外公开选拔科级干部、护士长共22名，15名科级干部进行了轮岗。
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