1987年，以贺执茂院长为首的院领导，为了改变我院的落后面貌，千方百计，筹集资金。功夫不负有心人，经省计划委员会和省卫生厅批准，并先后拨款1100多万元(国家中医药管理局补助150万元)，拆除原有病房，就近增地1.03亩，得新修建了一栋面积9800多平方米的12层病房综合大楼，于1990年竣工并正式投入使用，从而对过去的落后面貌有所改善，也为以后评“三甲”打下了物质基础。1989年11月，刘安国任党委书记。1990年，全院开设病床300张，分为六个病室，设有中心药房、手术室。
1991年，医院添置了一批现代化医疗设备，并对急诊科和肛肠科门诊用房进行了扩建。1992年6月，贺执茂任党委书记，尤昭玲调入任院长。同年选送一批医师进行培训，重点解决放射科、检验科等医技科室及外科的技术骨干缺乏问题。医院管理上，试行岗位责任制和综合目标管理，在基本医疗上下功夫，在优质服务上作文章，狠抓医疗质量和医德医风建设，病床使用率上升到110％，病人治愈率提高了35%。同年12月，钱正华任党委书记。
1993年，医院加快改革步伐，狠抓医疗质量，提高两个效益，积极创建三甲医院；1994年4月新设老干科；4月成立省中医骨伤传统治疗研究中心；5月成立五个专科专病研究中心；8月成立了麻醉手术科和病理科；11月增设监察科、经济管理科、食疗营养科；年底新成立综合档案科，对全院各项档案资料搜集入档。1994年5月，尤昭玲调出，欧阳恒任院长。1995年10月，经省医院评审委员会专家评审，一举通过“三甲”评审验收。
为了更好地开展教学科研工作，1997年在原有内科、外科、骨伤、耳鼻喉、护理教研室的基础上，增设针推、影像、妇科、儿科四个教研室。医疗方面，开设了神经外科，反聘一批享有盛名的老中医，开设离退休专家骨外伤科及内科等专科。当年，医院还被评为省卫生系统“四满意”服务竞赛活动优胜单位。1997年4月，旷惠桃调入任院长。
1998年9月，医院计算机信息管理中心成立，为全院管理实现科学化、现代化打下了良好的基础，工作效率和服务质量大大提高。同一时期，病房裙楼加层工程完成，扩建、装修高档病房，并投入使用。西医外科继成立“碎石排石中心”后，1999年5月引进全套前列腺电汽技术(TUVP)，并组建前列腺病治疗中心，开展了我省省级综合医院首例经尿道前列腺肥大电汽化手术；6月，“全国中医皮肤疮疡医疗中心”顺利通过国家中医药管理局评审验收；7月，“放心药房”通过省卫生厅中医管理局验收；11月，医院作为省医学院校“临床教学基地”，通过了省教委的评审验收。1999年，医院业务收入达3400万元。
2000年1月，肖小芹任党委书记，院领导着手恢复“湖南省立中医院”院名的工作，请6位健在的湖南省名中医(谢剑南、谭敬书、孙达武、肖国士、贺执茂、欧阳恒)出面，写报告、递申请，联合签名，恳请恢复。2000年12月，湖南省卫生厅发了文件：“经研究，同意你院加挂‘湖南省中医医院’院名，作为你院的第二名称。”
2002年1月，旷惠桃调出，程丑夫调入任院长。2002年—2003年是长沙市营盘路扩建的大好时机，我院筹资4000万元，在医院北侧，营盘路南侧马路旁，修建门诊教学综合大楼，规划总面积9428平方米。
抗击“非典”期间，医院层层落实“非典”防治工作，党办协助医务科、药剂科向病人进行防治“非典”的健康宣教，及时对外发布医院防治非典的便民举措，取得了较好的社会效益。广大医务人员不顾个人安危，涌现了一批好人好事，急诊科护士长林巧梅被评为全省抗击“非典”先进个人，并荣记二等功一次，同时被省妇联和卫生厅授予“三八红旗手”光荣称号。
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